Ninja to Koroshiya no Futarigurashi: Satoko Kusagakure, una ninja que abandonó su aldea con sus camaradas, se encuentra viviendo con Konoha, una chica de secundaria que trabaja como asesina en la ciudad. Satoko posee la habilidad de transformar objetos usando ninjutsu, lo que llama la atención de Konoha. Llegan a un acuerdo: Konoha le proporciona a Satoko un lugar para vivir a cambio de que Satoko la ayude a limpiar después de sus trabajos de asesinato. Mientras se enfrentan a asesinos enviados por la aldea de Satoko, disfrutan de deliciosas comidas con el dinero ganado en trabajos de asesinato y navegan por el caos de su inusual situación de vida, la historia captura las conmovedoras pero caóticas vidas de estos dos improbables compañeros de habitación.